Dankzij een revolutionaire technologie die de sleutel vormt tot het oprakelen van iemands genetische herinneringen, weet Callum Lynch (Michael Fassbender) de avonturen van zijn voorvader Aguilar in het 15e eeuwse Spanje te beleven. Callum ontdekt dat hij afstamt van een mysterieus geheim genootschap, de Sluipmoordenaars, en vergaart een enorme hoeveelheid eeuwenoude kennis en vaardigheden waarmee hij het in het heden opneemt tegen de machtige en oppressieve Orde van de Tempeliers.

De film speelt zich af voor Episode IV - A New Hope. Galen Marek is een gewaardeerde wetenschapper van het net opgerichte Galactische Keizerrijk. Zijn genialiteit was van cruciaal belang voor de technologische ontwikkeling van de Death Star. Als hij echter achter de ware bedoelingen van het Keizerrijk komt, keert Marek zich tegen hen en wil hij met een eigenzinnige groep rebellen een wanhopige missie uitvoeren. Hij wil de plannen voor de Death Star stelen, voordat deze kan worden gebruikt om de heerschappij van de keizer af te dwingen. En dat alles terwijl hij op zoek is naar zijn enige dochter.

Fantastic Beasts and Where to Find Them begint in 1926 als Newt Scamander zijn wereldwijde excursie voor het vinden en vastleggen van een bijzondere collectie fabeldieren net heeft afgerond. Wat een simpele tussenstop in New York had moeten worden, loopt volledig uit de hand door een Dreuzel genaamd Jacob, een magische koffer, en het ontsnappen van een aantal van Newt’s fabeldieren, die wel eens problemen zouden kunnen veroorzaken voor zowel de tovenaars- als de No-Maj wereld.