De film start met een verhaal uit een boek dat wordt geprojecteerd uit een boek, we krijgen hier meer info ver de schat. Even later krijgen we Jim te zien 12 jaar later. Toen hij op het dak een schip zag neerstorten kreeg hij van de stervende kapitein "Billy Bones" een bolletje, dan landt er een schip met een stel piraten die alles plat branden. Ze krijgen onderkomen bij "Dr. Doppler" waar ze achter de ware aard van het bolletje komen. Dr. Doppler wil onmiddellijk een expeditie starten.